Las señas de identidad de Cantoria reposan sobre siglos y siglos de historia. No en vano, conocerla hoy supone descubrir, al tiempo, la infinidad de civilizaciones, pueblos y culturas que por ella han ido pasando con el correr de los años. Y es que su privilegiada situación geográfica, fronteriza con el Reino de Murcia y Andalucía, pronto la convirtieron en una zona estratégica para el asentamiento y protección de muchos pueblos.

Así pues, el origen de Cantoria se remonta a la prehistoria, a juzgar por los numerosos vestigios arqueológicos hallados en sus contornos. Éstos conservan la huella de los primeros pobladores allá por el Neolítico y, más tarde, la impronta de fenicios y griegos. Ya en el siglo XII, Cantoria fue una primitiva población árabe andalusí que, con la Conquista de Granada en 1488, se hizo cristiana recibiendo el título de Villa de la mano de los Reyes Católicos.

En 1515, su nombre quedó ligado al Marquesado de los Vélez cuando Don Pedro Fajardo la adquirió junto a Partaloa por dos millones y medio de maravedíes. Otro capítulo importante de su historia fue la sublevación morisca (1569-1571) pues, según los historiadores, Cantoria fue uno de los escenarios clave de la contienda que enfrentó a dos nombres propios: Jerónimo el Maleh y Don Juan de Austria, que eligió Cantoria para instalar su campamento de campaña.

Finalmente, el asentamiento actual de la Villa se realizó entre los años 1570 y 1573, aunque hubo que esperar hasta el 30 de noviembre de 1833 para que Cantoria se constituyera como municipio almeriense al crearse nuevamente la provincia de Almería por Don Francisco Javier de Burgos. En 1840 Cantoria figura entre los 97 ayuntamientos de Almería con el número 81, figurando también como integrante de la Diócesis-0bispado de Almería.